В сентябре 1988 года упраздняются Кулябская и Курган-Тюбинская области, а на их месте образовывается новая Хатлонская область с центром в Курган-Тюбе, включавшая также и г. Нурек.
Таджикская ССР делилась на:
1 АО: Горно Бадахшанская автономная область
3 области: Ленинабадская область, Хатлонская область
8 районов республиканского подчинения
5 городов республиканского подчинения: Душанбе, Нурек, Орджоникидзеабад [ныне Вахдат], Рогун, Турсунзаде.
Горно Бадахшанская автономная область
6 районов:
1. Ванчский - пос. Ванч
2. Ишкашимский - пос. Ишкашим
3. Калъаи-Хумбский - пос. Калъаи-Хумб
4. Мургабский - пос. Мургаб
5. Рушанский - пос. Рушан
6. Шугнанский - г. Хорог
1 город областного подчинения:
1. Хорог